南京三六九面馆建于民国35年（1946年），店址原在新街口汉中路2号，以“三六九芳记点心总汇”商号示人（据传此前是由原民国时期在陪都重庆的部分军政人员，因不习惯川味餐饮而将南京三六九（菜馆）在重庆移植的，以经营江浙风味小吃为主，后随民国政府还都南京，故又有重庆三六九之名）。

当时经营小笼包饺、千层油糕、各式酥点、四色汤团、各式炒面、汤面、各式饭菜等。以应时小吃为（如：春卷、蟹黄包、银丝卷等）特色。该店的千层油糕每层薄如纸，小笼包夹到筷子上像小灯笼，名扬一时。


解放前后，曾名为三六九菜馆。1956年公私合营后改为南京三六九面馆。1966年文化大革命时期曾一度改为名工农兵饭店。文革后期又恢复为南京三六九面馆。1993年曾改为三六九中西餐厅，并增加供应类西餐、西点。


其间：1978年因建设金陵饭店而拆迁停业。1983年在中山北路145号以原名复业。1997年又因山西路改造而拆迁停业。2010年初在中央路228号再度复业。2012年底在南京市江宁区横溪街道石塘人家的分店开门营业。目前，在南京狮子桥29号新址的新店已经初具规模。南京三六九面馆在正常经营期间，曾培养出包括特级厨师、点心师和服务师在内的各等级专业技术人员数十名。其中还有被派往官方驻外机构工作的。所属员工及所制作的品种曾多次参加全国及省、市、区商务系统组织的各项评比、比赛并获得了较好成绩。

有趣的是，这家面馆以数字名之，显得饶有趣味，至今有很多种解读方法。

其一、经营宗旨说。在三六九面馆初期，是以“点心总汇”为特点的，米面点心、干稀搭配、甜咸兼顾、以江浙风味为主，萃取南北东西特色。冀望以尽可能多的品种，适应“首都”众多的往来宾朋。故而有“呈献三六九种美食，款待四面八方顾客”的说法。

其二、大吉大利说。在传统文化中“三”表示众多、“六”多用来表示“顺”、“九”为最大的阳数，为尊。诸事大顺大就，无疑就是大吉大利。这也肯定是为商之人的美好愿景。

其三、祥瑞和美说。在佛界有一种说法，叫做“三六九，跟着佛祖往上走”。吉祥和谐方能聚集人气，人气多了才能有福气，福气多了才能谈的上财气——对做生意的人来说开门经营求福求财，这在佛教文化影响深远的南京也讲得通。


最初是哪一种说法，现在没有明确记载。但“三六九”这一老字号数十年来承载了几代从业者的努力阐释，只要说得通，就不必相互排斥。兼收并蓄，相互包容本身就是“三六九”的根本理念。

不管怎么说，这是我们南京老字号企业中不可或缺的一家。2013年8月，该企业已向国家工商总局商标局提出“佰年三六九”商标注册申请并已获得此商标。